Наказом Державного Митного Комітету України 8 квітня 1992 року створено Тернопільську митницю із чисельністю 40 штатних одиниць, у діяльністі якої входила вся територія області. Тоді ж створили Чортківський і Збаразький митні пости зі штатним розписом по п’ять працівників. Відтоді й починається історія Тернопільської митниці, першим начальником якої призначено Миколу Васильовича Лісовенка. Він тоді вже підготував міцний фундамент для роботи митниці й розпочав набір молодих, енергійних кадрів, які б змогли виконувати поставлені завдання перед митним підрозділом.
Згодом розширення обсягів зовнішньоекономічної діяльності області зумовило збільшення штатної чисельності Тернопільської митниці до 60 осіб. Весь цей час митниця орендувала приміщення в різних мікрорайонах міста і лише з 1 квітня 1996 року працівники переїхали в сьогоднішнє адмінприміщення.
Штатна чисельність митниці щоразу збільшувалася. Найбільшою вона була у 1998 році – 134 ооби, у 2012-у – 105. Із створенням у 2013 році Міністерства доходів і зборів та у зв’язку із реорганізацією митниці число працівників скоротилося до 70 осіб. Згодом, відповідно до постанови Кабміну від 06.08.2014 року №311 «Про утворення територіальних органів Державної фіскальної служби та визнання такими, що втратили чинність, деяких актів Кабінету Міністрів України», cтворено Тернопільську митницю ДФС.
Сьогодні Тернопільська митниця ДФС складається із 15 самостійних структурних підрозділів (у тому числі два віддалених підрозділи: митний пост «Чортків» та відділ митного оформлення №2 митного посту «Тернопіль-центральний» – дислокація у Збаражі) і має встановлену чисельність у 79 одиниць.
Попри невелику кількість працівників Тернопільська митниця ДФС якісно виконує поставлені перед нею завдання. До прикладу, протягом першого кварталу цього року митницею перераховано до бюджету майже 300 млн. грн. митних платежів. Це – найбільша сума за весь період існування Тернопільської митниці. Про це повідомили у відділі організації роботи Головного управління ДФС у Тернопільській області.